Hệ thống tự hoại được bảo trì tốt và được xây dựng tại vị trí thích hợp sẽ ít gây ra các vấn đề về môi trường. Nhưng trong một vài trường hợp xây dựng tại các vị trí không phú hợp sẽ  phát sinh một số vấn đề.

Mùi hôi và phát thải khí gas

Một vài thành phần trong chất thải đặc biệt các thành  phần chưa gốc sunfat trong điếu kiện phân hủy kị khí chúng sẽ sinh ra khí hydro sunfua là khí độc và có mùi trứng thối. Khí metan cũng được sinh ra. Các hợp chất chứa gốc nitrat và hữu cơ sẽ phát sinh ra ammoniac. Quá trình phân hủy kị khí còn sản sinh ra khí cacbonic.

Chất dinh dưỡng

Chất dinh dưỡng tù hầm rút theo dòng nước đi ra sông có thể gây ra hiện tượng tảo nở hoa. Để ngăn chặn hiện tượng trên có thể sử dụng công nghệ để cắt giảm lượng chất dinh dưỡng[13] hoặc đơn giản hơn là xây dựng hầm rút ở những nơi có khả năng cản trở nước ở hầm rút thấm trực tiếp vào mạch nước.

Quá trình lên men kị khí xảy ra trong bể tự hoại có thế oxy hóa khử yếu, do đó phophat tồn tại ở dạng hòa tan. Khi đó chúng sẽ hòa tan và theo dòng nước từ thấm rút thấm ra ngoài, chúng sẽ giúp cho thực vật phát triển nhanh chóng và có thể gây ra hiện tưởng tảo nở hoa kể cả loại tảo độc: cyanobacteria.

Thường thì đất có đủ khả năng chứa được lượng photphat sinh ra từ bể tự hoại. Nhưng đối với trường hợp đất cát hoặc đất có thành phần hạt thô và kế bên mạch nước. Chúng sẽ bị bão hòa photphat và đe dọa với nước mặt[14].

Ô nhiễm nước ngầm

Tại những nơi có mật độ lổ rỗng cao, quá trình ô nhiễm nước ngầm có thể xảy ra. Điều này làm cho một vài thị trấn nhỏ đang đối mặt với chi phí cao khi xây dựng các khu xử lý chất thải tập trung. Để cắt giảm vấn đề dân cư sẽ làm tăng nhu cầu xây dựng các khu xử lý tập trung, việc tạm hoãn xây dựng và giới hạn về tài sản bị lạm dụng. Sử dụng bể tự hoại có thể có ích trong thời thời gian tạm hoãn tuy nhiên nó cũng chỉ là giải pháp tình thế và cần có giải pháp hiệu quả hơn khi mật độ dân số tăng lên.

Ô nhiễm nước mặt

Những vùng nằm gần với nguồn nước nuôi cá, tôm cua, những hệ thống tự hoại bị hư hại có khả năng gây ô nhiễm ảnh hưởng đến năng suất thu hoạch. Ở bang Oasinhton Mỹ, cục bảo vệ tôm cua hoặc cục nước sạch được thành lập bởi các hạt để bảo vệ chất lượng nước và tài nguyên đất ven biển. Cục cung cấp máy, thiết bị để gây quỹ phục vụ công tác kiểm soát chất lượng nước của những điểm có khả năng gây ô nhiễm, ví dụ sự bảo trì bể tự hoại. Cục còn tuyên truyền giáo dục rằng nguồn ô nhiễm có thể gây hại đến môi trường sống của tôm cua.[15]